Cystein (značka Cys nebo C) je v přírodě se vyskytující aminokyselina, která ve své molekule obsahuje thiololovou skupinu -SH. Název aminokyseliny cystein se v praxi zkracuje na Cys nebo písmeno C. Podílí se významně na struktuře bílkovin (tvoří disulfidové můstky) a na udržení přiměřeného oxidačně-redukčního prostředí v buňce. Vyskytuje se ve většině bílkovin, i když v některých jen v malém množství.Dále jej můžeme najít v cibuli, česneku, brokolici a ovsu. Používá se k léčbě otrav.
Pokud místo síry obsahuje selen, jde o selenocystein. Dekarboxylací cysteinu vzniká taurin.