1863-1914
Roku 1889, po sebevraždě císařova syna Rudolfa, se stal následníkem rakousko-uherského trůnu. Těžkopádný, tvrdohlavý politik si vyvzdoroval morganatický (nerovnorodý) sňatek s českou hraběnkou Žofií Chytkovou. Za trest se musel zříci následnictví pro svoje děti. Žofie nesměla bydlet ani obědvat v císařském paláci Hofburg, nesměla používat císařskou divadelní lóži ani ekvipáž. Při slavnostních průvodech císařské rodiny jako byly církevní slavnosti, svatby a pohřby chodil Ferdinand vpředu za císařem, Žofie průvod uzavírala. František Josef I. Žofii udělil titul vévodkyně z Hohenbergu.
František Ferdinand d´Este se Žofií a dětmi žili na zámku Konopišti u Benešova.
Jen jednou se vydali společně na oficiální cestu, a to 28. června 1914 na inspekci do Srbska, které tehdy patřilo Rakousko-Uhersku. Na cestě Sarajevem na ně srbští nacionalisté spáchali atentát, při němž oba zahynuli. Zůstaly po nich tři malé děti – 2 synové a dcerka. O měsíc později vyhlásilo Rakousko-Uhersko Srbsku válku, která v krátké době přerostla v I. světovou válku.